Project: | CDO_step0-01A |
High resolution diffraction limits: | 2.00 Å, 1.99 Å, 1.98 Å, 1.97 Å, 1.96 Å, 1.95 Å, 1.94 Å, 1.93 Å, 1.92 Å, 1.91 Å, 1.90 Å, 1.89 Å, 1.88 Å, 1.87 Å, 1.86 Å, 1.85 Å, 1.84 Å, 1.83 Å, 1.82 Å, 1.81 Å, 1.80 Å, 1.79 Å, 1.78 Å, 1.77 Å, 1.76 Å, 1.75 Å, 1.74 Å, 1.73 Å, 1.72 Å, 1.71 Å, 1.70 Å, 1.69 Å, 1.68 Å, 1.67 Å, 1.66 Å, 1.65 Å, 1.64 Å, 1.63 Å, 1.62 Å, 1.61 Å, 1.60 Å, 1.59 Å, 1.58 Å, 1.57 Å, 1.56 Å, 1.55 Å, 1.54 Å, 1.53 Å, 1.52 Å, 1.51 Å, 1.50 Å, 1.49 Å, 1.48 Å, 1.47 Å, 1.46 Å, 1.45 Å, 1.44 Å, 1.43 Å, 1.42 Å |
Initial structure model: | 2B5H_edit_refmac1.pdb |
Merged diffraction data: | CDO_R.mtz |
Unmerged diffraction data: | XDS_ASCII.HKL |
Data with FreeRflag set 0 will be excluded during refinement. |
Working directory: | /public/pairef_datasets/publication_examples/3-3_CDO/pairef_CDO_step0-01A |
Run date and time: | 2020-05-26 13:00:24 |
user@host: | maly@localhost |
PAIREF version: | 1.1.0 |
REFMAC5 version: | 5.8.0258 |
Python version and executable: | 2.7.15 /protein2/phenix/phenix-1.16-3546/build/../conda_base/bin/python2.7 |
matplotlib version: | 2.2.3 |
# Shell Rwork(init) Rwork(fin) Rwork(diff) Rfree(init) Rfree(fin) Rfree(diff) 2.00A->1.99A 0.1561 0.1572 0.0011 0.2180 0.2200 0.0020 1.99A->1.98A 0.1572 0.1578 0.0006 0.2198 0.2203 0.0005 1.98A->1.97A 0.1577 0.1580 0.0003 0.2198 0.2187 -0.0011 1.97A->1.96A 0.1579 0.1583 0.0004 0.2184 0.2181 -0.0003 1.96A->1.95A 0.1581 0.1582 0.0001 0.2177 0.2169 -0.0008 1.95A->1.94A 0.1582 0.1583 0.0001 0.2165 0.2158 -0.0007 1.94A->1.93A 0.1583 0.1584 0.0001 0.2157 0.2160 0.0003 1.93A->1.92A 0.1586 0.1589 0.0003 0.2160 0.2162 0.0002 1.92A->1.91A 0.1590 0.1591 0.0001 0.2165 0.2163 -0.0002 1.91A->1.90A 0.1590 0.1594 0.0004 0.2159 0.2154 -0.0005 1.90A->1.89A 0.1597 0.1600 0.0003 0.2157 0.2151 -0.0006 1.89A->1.88A 0.1602 0.1607 0.0005 0.2156 0.2151 -0.0005 1.88A->1.87A 0.1612 0.1614 0.0002 0.2156 0.2150 -0.0006 1.87A->1.86A 0.1619 0.1619 0.0000 0.2149 0.2147 -0.0002 1.86A->1.85A 0.1624 0.1625 0.0001 0.2150 0.2151 0.0001 1.85A->1.84A 0.1634 0.1635 0.0001 0.2154 0.2153 -0.0001 1.84A->1.83A 0.1640 0.1640 0.0000 0.2158 0.2154 -0.0004 1.83A->1.82A 0.1646 0.1646 0.0000 0.2167 0.2170 0.0003 1.82A->1.81A 0.1656 0.1657 0.0001 0.2180 0.2183 0.0003 1.81A->1.80A 0.1664 0.1665 0.0001 0.2176 0.2185 0.0009 1.80A->1.79A 0.1669 0.1672 0.0003 0.2180 0.2185 0.0005 1.79A->1.78A 0.1680 0.1682 0.0002 0.2187 0.2188 0.0001 1.78A->1.77A 0.1692 0.1692 0.0000 0.2192 0.2189 -0.0003 1.77A->1.76A 0.1700 0.1699 -0.0001 0.2190 0.2188 -0.0002 1.76A->1.75A 0.1709 0.1709 0.0000 0.2188 0.2186 -0.0002 1.75A->1.74A 0.1717 0.1718 0.0001 0.2197 0.2189 -0.0008 1.74A->1.73A 0.1729 0.1730 0.0001 0.2189 0.2201 0.0012 1.73A->1.72A 0.1740 0.1742 0.0002 0.2204 0.2203 -0.0001 1.72A->1.71A 0.1752 0.1753 0.0001 0.2209 0.2211 0.0002 1.71A->1.70A 0.1764 0.1764 0.0000 0.2221 0.2227 0.0006 1.70A->1.69A 0.1776 0.1776 0.0000 0.2228 0.2234 0.0006 1.69A->1.68A 0.1790 0.1793 0.0003 0.2244 0.2248 0.0004 1.68A->1.67A 0.1804 0.1806 0.0002 0.2250 0.2254 0.0004 1.67A->1.66A 0.1817 0.1822 0.0005 0.2259 0.2276 0.0017 1.66A->1.65A 0.1835 0.1839 0.0004 0.2283 0.2284 0.0001 1.65A->1.64A 0.1853 0.1855 0.0002 0.2296 0.2296 0.0000 1.64A->1.63A 0.1868 0.1869 0.0001 0.2297 0.2306 0.0009 1.63A->1.62A 0.1879 0.1880 0.0001 0.2302 0.2303 0.0001 1.62A->1.61A 0.1894 0.1895 0.0001 0.2315 0.2323 0.0008 1.61A->1.60A 0.1906 0.1908 0.0002 0.2337 0.2343 0.0006 1.60A->1.59A 0.1920 0.1922 0.0002 0.2349 0.2352 0.0003 1.59A->1.58A 0.1937 0.1937 0.0000 0.2359 0.2363 0.0004 1.58A->1.57A 0.1950 0.1950 0.0000 0.2373 0.2375 0.0002 1.57A->1.56A 0.1963 0.1964 0.0001 0.2379 0.2381 0.0002 1.56A->1.55A 0.1977 0.1978 0.0001 0.2387 0.2389 0.0002 1.55A->1.54A 0.1993 0.1994 0.0001 0.2387 0.2393 0.0006 1.54A->1.53A 0.2010 0.2021 0.0011 0.2402 0.2409 0.0007 1.53A->1.52A 0.2029 0.2022 -0.0007 0.2401 0.2406 0.0005 1.52A->1.51A 0.2037 0.2037 0.0000 0.2407 0.2411 0.0004 1.51A->1.50A 0.2051 0.2053 0.0002 0.2421 0.2428 0.0007 1.50A->1.49A 0.2065 0.2067 0.0002 0.2435 0.2442 0.0007 1.49A->1.48A 0.2080 0.2083 0.0003 0.2451 0.2456 0.0005 1.48A->1.47A 0.2095 0.2098 0.0003 0.2457 0.2460 0.0003 1.47A->1.46A 0.2111 0.2115 0.0004 0.2464 0.2466 0.0002 1.46A->1.45A 0.2124 0.2126 0.0002 0.2477 0.2485 0.0008 1.45A->1.44A 0.2136 0.2141 0.0005 0.2488 0.2496 0.0008 1.44A->1.43A 0.2154 0.2156 0.0002 0.2498 0.2502 0.0004 1.43A->1.42A 0.2170 0.2171 0.0001 0.2513 0.2521 0.0008
Note: For each incremental step of resolution from X->Y, the R-values were calculated at resolution X.
Raw data: CDO_step0-01A_merging_stats.csv
#shell d_max d_min #obs #uniq mult. %comp <I> <I/sI> r_mrg r_meas r_pim cc1/2 cc_ano cc* 01 41.96 3.98 30502 2013 15.15 100.00 509.9 92.4 0.029 0.030 0.008 1.000 0.444 1.0000 02 3.98 2.83 55734 3335 16.71 100.00 382.3 74.0 0.048 0.049 0.012 1.000 0.178 1.0000 03 2.83 2.31 73318 4261 17.21 100.00 152.2 40.9 0.127 0.131 0.031 0.999 0.046 0.9997 04 2.31 2.00 86730 5014 17.30 100.00 100.2 23.4 0.254 0.261 0.062 0.997 0.009 0.9992 05 2.00 1.99 3555 204 17.43 100.00 81.4 17.6 0.334 0.343 0.081 0.996 -0.084 0.9990 06 1.99 1.98 3687 214 17.23 100.00 82.0 17.2 0.335 0.345 0.082 0.996 -0.025 0.9990 07 1.98 1.97 4276 246 17.38 100.00 70.6 15.2 0.382 0.394 0.093 0.994 -0.002 0.9985 08 1.97 1.96 3757 215 17.47 100.00 58.4 13.1 0.454 0.468 0.110 0.990 -0.074 0.9975 09 1.96 1.95 4289 249 17.22 100.00 59.6 13.3 0.422 0.435 0.103 0.992 0.089 0.9980 10 1.95 1.94 3993 230 17.36 100.00 54.2 12.1 0.491 0.506 0.120 0.987 -0.022 0.9967 11 1.94 1.93 4061 237 17.14 100.00 50.1 11.1 0.458 0.471 0.112 0.990 -0.104 0.9975 12 1.93 1.92 4332 252 17.19 100.00 54.5 11.1 0.430 0.443 0.106 0.994 -0.103 0.9985 13 1.92 1.91 4164 246 16.93 100.00 51.1 10.4 0.449 0.463 0.112 0.990 -0.052 0.9975 14 1.91 1.90 4538 270 16.81 100.00 49.6 10.2 0.438 0.452 0.109 0.988 -0.082 0.9970 15 1.90 1.89 4417 260 16.99 100.00 42.4 8.8 0.490 0.505 0.122 0.984 -0.187 0.9960 16 1.89 1.88 4738 279 16.98 100.00 36.0 7.7 0.555 0.572 0.138 0.983 0.030 0.9957 17 1.88 1.87 4366 258 16.92 100.00 38.1 8.4 0.523 0.539 0.130 0.980 -0.054 0.9949 18 1.87 1.86 4624 273 16.94 100.00 35.1 7.8 0.569 0.587 0.142 0.975 -0.048 0.9937 19 1.86 1.85 4956 296 16.74 100.00 28.7 6.1 0.662 0.683 0.166 0.973 -0.073 0.9931 20 1.85 1.84 5093 301 16.92 100.00 30.0 6.5 0.604 0.622 0.151 0.973 -0.080 0.9931 21 1.84 1.83 4941 293 16.86 100.00 30.8 6.4 0.582 0.600 0.146 0.975 -0.043 0.9937 22 1.83 1.82 5265 313 16.82 100.00 25.2 5.2 0.658 0.679 0.166 0.970 0.028 0.9924 23 1.82 1.81 5069 302 16.78 100.00 26.9 5.6 0.593 0.612 0.150 0.964 0.336 0.9908 24 1.81 1.80 5143 311 16.54 100.00 29.0 5.8 0.584 0.602 0.148 0.978 -0.003 0.9944 25 1.80 1.79 5805 343 16.92 100.00 20.7 4.4 0.735 0.758 0.183 0.952 0.076 0.9876 26 1.79 1.78 5612 333 16.85 100.00 20.1 4.4 0.729 0.752 0.182 0.950 0.129 0.9871 27 1.78 1.77 5658 338 16.74 100.00 20.1 4.3 0.721 0.744 0.181 0.947 0.000 0.9863 28 1.77 1.76 5897 348 16.95 100.00 17.9 3.9 0.791 0.816 0.197 0.934 0.052 0.9828 29 1.76 1.75 5904 348 16.97 100.00 16.7 3.6 0.842 0.868 0.210 0.959 0.018 0.9895 30 1.75 1.74 6053 366 16.54 100.00 14.5 3.0 0.955 0.986 0.242 0.914 0.219 0.9773 31 1.74 1.73 6433 378 17.02 100.00 13.8 3.0 0.958 0.987 0.239 0.900 0.075 0.9733 32 1.73 1.72 6472 381 16.99 100.00 14.2 3.1 0.900 0.928 0.225 0.923 0.111 0.9798 33 1.72 1.71 6602 388 17.02 100.00 13.5 2.9 0.966 0.996 0.241 0.892 0.212 0.9710 34 1.71 1.70 6535 398 16.42 100.00 11.5 2.5 1.074 1.108 0.273 0.891 -0.060 0.9708 35 1.70 1.69 6365 415 15.34 100.00 10.5 2.3 1.128 1.167 0.297 0.863 0.010 0.9625 36 1.69 1.68 6615 428 15.46 100.00 11.1 2.3 1.125 1.163 0.295 0.875 0.220 0.9661 37 1.68 1.67 6421 426 15.07 100.00 10.0 2.1 1.151 1.192 0.307 0.867 0.280 0.9637 38 1.67 1.66 6573 442 14.87 100.00 8.9 2.0 1.208 1.251 0.324 0.754 0.036 0.9272 39 1.66 1.65 6068 419 14.48 100.00 9.3 1.9 1.211 1.255 0.329 0.823 0.146 0.9502 40 1.65 1.64 6991 487 14.36 100.00 8.6 1.8 1.252 1.299 0.341 0.773 0.018 0.9338 41 1.64 1.63 6297 449 14.02 100.00 9.1 1.9 1.201 1.246 0.332 0.763 0.237 0.9304 42 1.63 1.62 7036 508 13.85 100.00 7.6 1.6 1.434 1.489 0.399 0.708 0.086 0.9105 43 1.62 1.61 6558 483 13.58 100.00 7.2 1.5 1.483 1.542 0.417 0.707 -0.002 0.9101 44 1.61 1.60 6562 493 13.31 100.00 7.5 1.5 1.416 1.473 0.401 0.673 -0.017 0.8970 45 1.60 1.59 6938 530 13.09 100.00 6.1 1.2 1.712 1.781 0.488 0.584 -0.084 0.8587 46 1.59 1.58 7072 546 12.95 100.00 6.2 1.2 1.707 1.777 0.491 0.659 -0.023 0.8913 47 1.58 1.57 6705 538 12.46 100.00 5.9 1.2 1.759 1.834 0.516 0.658 -0.095 0.8909 48 1.57 1.56 6346 561 11.31 100.00 5.5 1.0 1.841 1.929 0.569 0.500 -0.022 0.8165 49 1.56 1.55 5988 578 10.36 100.00 5.0 0.9 2.039 2.145 0.656 0.522 -0.011 0.8282 50 1.55 1.54 5892 596 9.89 100.00 3.6 0.6 2.680 2.827 0.885 0.370 -0.000 0.7349 51 1.54 1.53 5549 595 9.33 100.00 5.2 0.9 2.003 2.120 0.682 0.338 -0.066 0.7108 52 1.53 1.52 5376 610 8.81 100.00 3.6 0.6 2.625 2.790 0.925 0.218 -0.009 0.5983 53 1.52 1.51 5288 644 8.21 100.00 4.0 0.6 2.306 2.459 0.837 0.326 0.054 0.7012 54 1.51 1.50 5160 665 7.76 100.00 4.3 0.7 2.428 2.601 0.912 0.281 0.020 0.6624 55 1.50 1.49 4990 673 7.41 100.00 3.5 0.5 2.844 3.058 1.097 0.154 -0.045 0.5166 56 1.49 1.48 4318 668 6.46 100.00 3.1 0.4 2.785 3.031 1.158 0.131 0.040 0.4813 57 1.48 1.47 3898 712 5.47 100.00 3.4 0.4 2.698 2.981 1.216 0.159 0.136 0.5238 58 1.47 1.46 3735 748 4.99 100.00 3.0 0.4 3.156 3.532 1.514 0.056 -0.055 0.3257 59 1.46 1.45 3334 746 4.47 100.00 3.7 0.4 2.760 3.127 1.405 0.039 -0.027 0.2740 60 1.45 1.44 2730 752 3.63 100.00 2.5 0.2 4.123 4.785 2.324 -0.002 0.029 N/A 61 1.44 1.43 2389 784 3.05 98.37 2.5 0.2 4.947 5.868 3.048 0.090 -0.170 0.4064 62 1.43 1.42 2161 761 2.84 93.15 1.7 0.1 6.579 7.844 4.119 0.077 -0.058 0.3781